人力资源部错了？

最近公司一员工离职,该员于7月4日办理离职手续,老总告诉无论哪天来均按照6月30日离职,故其30日无任何请假手续未上班,记之旷工,扣除其工资,全月实发工资=月工资-事假扣款-旷工扣款=2000-2000/21.75*4-2000/21.75*1*2=1448.28元;

后其有疑义,说27日已与老总约定离职,只是暂时未办手续,经核实老总认同此事宜,故需补发其工资,残月应得工资=月工资/21,75天*实际工作天数(16天)=2000/21.75*16=1471.26元;

补发其工资差额=残月应发工资-已领工资=1471.26-1448.28=22.98元.

后该员工认为补发金额与自己预期相差很多,故强词夺理,认为公司侵犯劳动者权益,至老总处;老总对人力资源部说无论何原因,不要再提了,只需补发其两日工资即可,此事就此终了。

事情平息了，但人力资源部心理却郁闷了，请各位高手评论指点吧，谢过！